أصدر الرئيس الصومالي شريف شيخ أحمد مرسومًا رئاسيًا بحلّ "المحاكم الإسلامية"، التي تأسّست قبل سنوات لمقاتلة الحكومة الانتقالية في مقديشو إبَّان الاحتلال الإثيوبي، ووجّه باستيعاب أفرادها في الجيش والشرطة التابعين للحكومة في خطوة تأتي في إطار "عملية هيكلة الأجهزة الأمنية" التابعة للحكومة. وقال الرئيس الصومالي الذي كان يقود قوات المحاكم قبل أن يوقع اتفاق سلام مع الحكومة الانتقالية، في حفل أُقِيم في القصر الرئاسي بحضور قادة المسلحين التي صارت الآن موالية للحكومة: "إنّ هذا الدمج يعزّز من كفاءة الأجهزة الأمنية للحكومة في المرحلة الجديدة، ويتماشى مع بنود الدستور الانتقالي الذي ينصّ على جهازين عسكريين فقط للبلاد هما الجيش والشرطة". وتقوم الحكومة الصومالية بإعادة هيكلة جهازي الجيش والشرطة في الوقت الذي تستعدّ فيه لاستعادة السيطرة على العاصمة مقديشو وبعض المحافظات المجاورة. وكان الرئيس الصومالِي قد عيّن الشهر الماضي رئيسين جديدين للجيش والشرطة في إطار هيكلة الجهازين، ويبلغ قوام قوات المحاكم الإسلامية التي تَمّ دمجها في الجيش والشرطة والمخابرات، نحو 2000 فرد.بحسب تقرير لصحيفة "الشرق الأوسط" اللندنية. وكان قادة المحاكم الإسلامية ومسلحيهم قد انشطروا إلى جناحين بعد انتخاب الرئيس الحالي شريف شيخ أحمد في يناير عام 2009، حيث انضم أحد الجناحين إلى الحكومة فيما رفض الجناح الآخر بقيادة الشيخ حسن طاهر أويس وتنظيم الشباب العملية السياسية برُمّتها. وقد لقيت الحكومة الصومالية صعوبات في دمج مسلحي المحاكم الإسلامية في أجهزة الجيش والشرطة حيث كانت هناك حالة عداء ظاهرة بين الطرفين، ورفض مسلحو المحاكم الإسلامية الموالية للحكومة في البداية ارتداء الزِّي العسكري الحكومي كما رفضت تسميتها بالجيش الوطني. وطالبت بدلاً من ذلك بتسميتها بـ"جيش المجاهدين" بحكم مقاتلتها لقوات الاحتلال الإثيوبية التي كانت تدعم الحكومة السابقة. وأعطي اسم "قوات الدرويش" لهذه القوات كحلّ وسط، وكانت تتمركز في مناطق معينة من العاصمة، فيما تلقى عدد كبير من هذه القوات تدريبات عسكرية مكثفة في الداخل وفي معسكرات في دول الجوار تمهيدًا لدمجها في الجيش والشرطة. وقال وزير الداخلية الصومالي عبد القادر علي عمر: إنّ ضباط المحاكم الإسلامية السابقين (نحو 130 قائدًا ميدانيًا) تَمّت ترقيتهم بشكل يتناسب مع خبراتهم العسكرية ومستوياتهم القيادية، أمَّا عناصر مقاتلي المحاكم الإسلامية الآخرون فينخرطون في الجيش والشرطة بشكل عادي. في هذه الأثناء أعلنت الحكومة الصومالية عن تشكيل إدارة تابعة لها لإقليم شبيلي الأوسط المتاخم للعاصمة، وعين علي محمود عدو، وهو من المقربين من الرئيس الصومالي، محافظًا جديدًا لإقليم شبيلي الأسفل، وهو أول مسئول يتم تعيينه كمحافظ خارج العاصمة مقديشو. ويعدّ إقليم شبيلي الأوسط أحد أهم الأقاليم في جنوب البلاد ويقع شمال مقديشو، وتسيطر عليه حاليًا حركة الشباب المجاهدين المعارضة. ويعتقد على نطاق واسع أنّ الحكومة تخطط لاستعادة السيطرة على هذا الإقليم عسكريًا. وتسيطر الحكومة الصومالية فقط على نحو نصف إقليم العاصمة مقديشو، فيما تسيطر حركة الشباب المجاهدين على 8 محافظات في جنوب ووسط البلاد (من أصل 18 محافظة تتكون منها الجمهورية الصومالية) وتسعى الحكومة حاليًا بمساندة قوات حفظ السلام التابعة للاتحاد الإفريقي إلى تغيير هذا الوضع العسكري لصالحها.